讨论本原的必要性
探究物理（古希腊意义上的物理指现在的自然），首先需要了解自然的本原。亚里士多德推荐的研究方法，是从我们经验可感知中不证自明的理念总结出属于自然的本原（184a10-21），我们经验可感知的是普遍意义上的物体而非个例，名称则是讨论普遍意义的工具（184a22-184b14）。
可以从几个角度考虑本原。(a) 数目：一个，有限多，无限多。(b) 运动还是静止。这个问题不是物理的研究范围，而是所有学科抑或说哲学要考虑的问题（184b15-185a3）。亚里士多德考察的基础就是实用的解释大自然，因此他用很直观且有说服力的方式吐槽了两个流派的观点。（185a4-14）
巴门尼德（一些相关内容见柏拉图的作品《Parmenides》）：本原是一——这就是一句虚无缥缈的废话，因为当我们在说本原时，它就是我们思想中的一个拥有同一性质的客体，说本原是一，和说本原是本原没什么区别；我们讨论本原是为了让它与物理产生关联借由讨论物理。
本原不被运动：现实生活中很多东西都在动，因此本原不可能不动，没啥好争论的。
我们需要探讨本原，因为错误的本原理解会导致各种错误的结论（185a11-14）；但还有一些别的乱七八糟的哲学问题和观点，和物理学没关系，因此我们在哲学上只需要讨论本原，抑或本质的存在。（185a15-21）
几种流行观点和反驳
万物为一的反驳
首先，从万物的角度来反驳这个观点，需要考虑“万物”是什么。万物是实体或数量或性质等的哪一些？万物指的是普遍意义上的还是个例意义上的？亚里士多德指出（详细理解需要参考《Categories》），流行观点在这个问题上都不能达成一致，但无论是哪一种，都是荒谬的——(1) 万物不仅包括实体，则必然是多，因为实体和其他本原不同。(2) 万物不包括实体，则本身就很荒谬，因为其他东西无法分离于实体存在。（3）如若万物仅仅是实体，那么它要么有限要么无限。(3.1) 实体（偶性上）是无限的，但不是无限。例如就其所包含的点的数目，而其自身就是一个东西。(3.2) 实体是有限的，则其有大小。大小是数，因此数存在。实体和数加起来为二，不为一。（185a22-185b5）
我们也可以从“一”的角度来反驳。一有几种可能的解释——连续可分/单一不可分/不连续可分/形而上学的同一。这里的论述许多延续并发展了《Parmenides》的八段推论。具体如下（185b6-26）。
- 不连续的可分便是有限的多。
- 连续可分——可以分割到无限，也即是整体为一，部分无限多，那么部分之间的关系，部分与整体的关系，并不能从这个所谓的单一本原里推得。（注：我认为这里亚里士多德巧妙的运用了本原的目的是考察一切的语言定义，证伪了整体为一，部分为多的本原论述，彻底的摧毁了《Parmenides》的八段推论。抑或如《物理学》185a6-12，巴门尼德的”本原“纯粹是为了装逼，并非亚里士多德所要求的用于解决实际问题的本原。）
- 单一不可分——那么作为本原的物体不论是有限的还是无限的，都难以说明它不可分。（注：我认为这里亚里士多德简单论述，逻辑不可谓完备，但是《巴门尼德八段推论》的四种推论对这种情况进行了详细证伪。）
- 形而上学的同一——若本原是同一，则是好也是坏，是善也是恶，啥都不用讨论了，还做啥研究？！（注：这里反驳了赫拉克利特，我个人认为也在反驳柏拉图的理念论，如《Republic》所说的万物为型，最高型为善。当然柏拉图在晚期也发现了这个问题，因为善和非善无论如何不能调和，因此在《Statesman》强调理念的本性划分，隐含着认为非善不是一种型，从而避免亚里士多德在这里讨论的问题。）
很多学者还想逃避问题，例如取消“是”这个词，搞文字游戏。但无论如何，按照前面的方式，一个说万物为一的人不得不承认一就是众多。亚里士多德因此说明——一和众多并不一定冲突，例如整体为一部分为多，潜在唯一现实众多等等。说到底，就是学者们claim万物为一这句话非常闪烁其词，言之无物（185b27-186a3）。
存在的多义性
万物是一，这个“是”本身就有多义性，而诸如巴门尼德的许多学者看不到这点（186a22-186b14）。比如
- 奥巴马存在。描述实体相异于非实体存在于物理世界。
- 奥巴马是人。描述实体作为第二实体的存在。
- 奥巴马是黑色的。描述实体的属性。
- 黑色存在。描述真实属性相异于对物理世界无影响的虚假而存在。
正因如此，我们的宇宙是多态的，不能因为它是无限的就否认有限本原存在的可能，因为它一定是从某个角度是无限的，而另一些角度是有限的。在某个角度是整体，在另一些角度又是众多原子不可分的构成（186b15-36）
颜色非物，是非存在。而它作为一种概念，对现实又有影响而存在，而这又导致非存在的存在。因此，存在必然有多层含义（187a1-12），也侧面反应万物不为一。（类似于柏拉图的《Sophist》的想法，存在在不同层次上有不同的含义。）
已有自然哲学家的观点
本原是有限的单一物体，或几种元素，或者原子通过聚集疏散成万物。这种情况下，变化来自于对立的两端：(a) 柏拉图把对立的两端当作质料，单一当作形式。(b) 另一些人把那些单一元素作为质料，把对立变化当作形式。(c) 还有一些人把整体作为单一，认为对立是此单一的一部分。（187a13-26）
阿那克萨戈拉认为本原是无限，这种情况下生成是合并，另一些人认为生成也可以是分离。（187a27-32）
对立的相互生成，在这些情况下都被认为是一种已经存在的转换（非存在中无法生成），例如混合物的成分在变化中某些成为优势，就显得生成了新东西，然而实际没有（187a33-187b7）。
若无限则不可知（187b8-14）（注：见《Posterior Analytics》)。无限的观点只考虑质料而没有形式，比如骨头这种如果分的太细就不是骨头了，因此事物大小的量度并非是任意而无限的，用无限的本原并不能完全解释（187b15-21）。
若东西有限，则生成不能来自分离，因为这种情况下东西不可能无限制互相生成。比如有限的肌肉无法生成无限的水（187b22-188a2）。（注：我的理解，若最小的一块肌肉无法生成水，则不能说肌肉可以生成水）
所以应当考虑有限的本原通过非分离的方式生成万物（188a6-18）。
几个本原
对立作为本原之一
变化来自于对立的两端（例如热变为冷），因此对立是变化的本原。（188a19-31）具体说来：
本性不同的存在无法互相作用承受，或生成，除非处于偶性。比如文雅不能生成白，除非一个文雅的人美白了变成白的（这事由于偶然的人-白/人-文雅的关系）。本性相同的可以相互转换，例如文雅变成不文雅（188a32-188b9）。这种本性相同的物之间存在变化，而生成物一定来自于本性相同的对立面或居间者，因此一切事物的生成都来源于对立。（188b10-28）
这个事情大体得到共识，当然存在微小分歧，例如对立在先还是后，来自于理性还是感觉，来自于物理、数，还是友爱争斗（188b29-189a2）。（注：相关内容可参考柏拉图《Phaedrus》《Symposium》（爱作为中间媒介），《Philebus》（快乐存在中间态》）。但不妨碍将对立作为本原之一（189b3-10）。
本原的确立与论证
根据前面的论述，本原不是单一，不是无限（189b11-22）。若只有两个，很难理解对立的两者如何互相迁移（189b23-27）。另一种说自然万物的实体就是本原也不对，因为实体间是不互相对立的（189b28-31），但是如果说另一个本原是非实体也不对，因为实体不能来自于非实体（189a32-34）（参考《Categories》）。因此本原的数目也不为二，至少是三个（189a35-189b15）。
很有可能是三个，实体相关的，非实体相关的，非实体内的对立，如果再多，就可能存在冗余（189b16-27）。但我们要确定是哪几个（189b28-29）。
考虑生成，需要说明A从B生成C，例如人从不文雅变成了文雅（189b30-190a9）。文雅就存在了，不文雅就小时了（190a10-21）。另外从青铜生成雕像，青铜仍然存在（190a22-25）。
生成可以是形状的变化，东西的增减，形式的组合，质料的改变（190a31-190b10）。生成的物必然是某种复合（黄铜的雕像，有教养的人），存在载体（黄铜/人）和对立物（雕像/普通黄铜，无教养/有教养）（190b11-16），且载体和对立的性质不是偶性（人有素养等级，雕塑有材质；偶性如人在巴黎，雕塑泡水）（190b17-23）。
因此，载体作为质料。对立物因某种形式而对立，他们不相同。例如人的存在和教养的存在，铜的存在和雕塑的存在。这些应当是本原（190b24-191a4）。对立的两物，可以总结为生成者的形式，以及形式的短缺（191a5-14）。
因此，在静止状态下的本原是两个：质料与形式；而在考虑时间下的运动和生成所需要的本原，则是质料（matter）、形式（form）、短缺（privation）。（191a15-24）
错误的理解与辩护
通过这种方式，在生成和毁灭中的存在与非存在就比较明显了，非存在到存在的转化是可能的，这解决了很多已有哲学家长期面临的问题（191a25-191b12）。绝对的非存在到存在不可能，但偶性上是的互相转换是可能的（铜在某种形状下形成雕塑），生成就是从短缺（非存在）中生成（191b13-24）。另外，存在不仅是现实的存在，短缺情况下依然可能潜在的存在（191b25-29）。
另一种思想接受非存在到存在的生成，却认为短缺是质料的短缺。事实上质料接近于实体，只会偶性上非存在，而短缺是本性上的。对比一下，柏拉图认为本原是大+小+理念，亚里士多德认为是质料、形式、短缺，区别在于柏拉图将质料也作为理念的一种，而实质不同（191b36-192a11）。
质料渴求形式而有生成的趋势，相反者意味着形式的毁灭，本性追求的称为形式，相反者可作为反自然的偶性。（192a12-25）质料在形式的意义上是有生成和毁灭的，而就其自身而言并没有（192a26-34）。
总结
分析了本原的数目，本性，作为第一哲学的任务。（192a35-192b6）