第二卷
我们对自然或多或少有贡献和理解，但很难究其本质 993b5。但是我们应该达成共识，自然存在某些规律而非无限制的不可解释。994a1。（其他部分和第一卷较为重复）
第三卷
形而上学是独立学科
不同学科所考察的原因各不相同，那哪一种应该是形而上学探求的科学呢996b5？或者说，本学科属于多门科学而非一门 996b26？
首先属于一门科学显然不合理，因为每个科学的原因是不同种的，不互通996b34。但他们问的问题是相同的，即一些存在物存在的基础，可见形而上学应该是所有科学的前提，从而使独立的学科 997a1-6。
在先的本原是普遍的
细究起来，有一些东西的证明是基于载体的（例如生物学从实际的生物考察），有一些则借助于公理（例如由某些物理定律推出某些假设）。那么普遍性的公理是更先的，还是作为实体的载体是更先的？997a6-15
作为存在的本原似乎有几种可能——原始的种、不可分的事物、导致区分种的属差（998b15-999a2），而每一种更为先都有其道理——不可分的事物是本原，因为无法由其他东西构成。普遍的东西是本原，因为只有他们才能解释原因。属差是本原，因为仅有通过属差，才能界定种。999a3-999a23。另外若个体外不存在本原，我们如何理解纷繁的万物呢？必然借助于普遍的东西，则存在于个体之外，则个体不能作为本原。999a24-32
几大需要解决的难题
如何解释生成与毁灭？1000a5-1001a2
存在和一是不是实体？数目、物体、面、点是不是实体？若这些都是偶性而不断变化，那实体的存在的意义是什么？1001a4-1002b12
不可分的元素是潜在的存在还是真实的存在？1003a1
第四卷
讨论存在的基础
存在一门为存在的存在而思辨的科学（形而上学）。1003a20-1005a34 （这里和第三卷大部分内容部分重复）
公理一：当我们讨论存在以及不存在时，必然是指某明确的意义。1006a29。注：后续亚里士多德对感觉进行了探讨，我认为亚里士多德此公理所指，为判别个体存在的标准来自于感官。
公理二：一个东西不能既存在又不存在，存在拥有逻辑基础 100b1。若说规律作为实体不存在，但作为对世界的影响存在，那是由于不同的限定，并非规律既存在又不存在。注：存在的普遍性可以以逻辑为基础进行获得。
公理三：存在非偶性。例如人由年轻变老，不能说此人是年轻的因此年轻存在。否则会如柏拉图的理念论一样陷入第三者悖论 1007b1。注：并非所有可感的描述都是存在，我们研究所谓的存在是那些本性就是如此的东西。
感觉引起悖论的探讨
感觉容易使人觉得某种存在有不同的性质，因此某种事物既A又非A，比如这个火龙果既冷又热 1009b33，违反了存在的公理——所以有人认为要么感觉不真实（柏拉图），要么不存在绝对的存在（普罗泰格拉）。但亚里士多德认为感觉是真实的 不真实的是感觉引起的印象 1010b4（反驳柏拉图）。但感觉之外必有别物，因为感觉是感觉者对可感事物的感觉（反驳普罗泰格拉）1011a1。而这些东西先于感觉存在，更为本原。
1011a4-1012b33针对违反亚里士多德公理的人而因此得出一些令人纠结的结论进行了实际分析，其所要说明的是根据亚里士多德的这些公理，以前的垃圾言论不值一提，而后续亚里士多德将基于此进行什么是存在的讨论。