背景
第一卷对前人的理论进行了批判，并在第三卷引出了形而上学的讨论的必要性，在第四卷确立了感觉外客体存在的证明。第五、六卷，亚里士多德为自己的理论做预先的铺垫，在讨论存在时需要考虑几个因素——
- 存在是一种实体，实体是不诉说他物但被他物诉说的范畴。
- 存在有自然，自然则有原因。
- 存在可以是部分，也可以是整体。
注：要想读懂此篇，请一定要看英文版的。中文翻译惨不忍睹。
实体的本质与定义
实体的含义来自于我们对事物本性上的分类——范畴篇；实体是那些最初可独立存在的范畴（1028a33）（注：需先读工具论）。
质料是不诉说他物的，不是一种性质，（比如铜、木头、元素表）。如果把质料以外的东西都作为可拿走的性质，则质料就是唯一的实体，但这不符合我们的经验，因为我们看到桌子，会认为他作为思维上单一可把握的事物而成为实体，因此实体也需要有形式（1029a32）。但只看到质料和形式还不足以理解实体，因为似乎他们是在后的，而先于他们的本质更应当值得讨论（1029b1）（注：因为本质是我们理解实体存在的基础）。
本质本身就是存在的原理（1029b15），他不能被进一步描述（否则描述它的才是本质），且自身就可以作为原理去说明他物（比如我提到这有个桌子，桌子本身包含了实体的原理，不可进一步被解释）（1029b21，1030a7）。作为对比，非原理性的东西就是其他范畴组成的复合体，例如白净的人，非人；白净的人本身不是本质，需要进一步拆分（1029b24-1029b32）。正因为不了解此点，定义通常被通用的解释所混淆——（错误案例）什么是白？这个白净的人的颜色。
单纯而原始的定义应当是描述实体因自身而存在的本质（1030b5）。虽然复合体也有定义（扁鼻），但那是通俗而言，而非此处严格意义上指向本质的单纯的定义（1031a10）。
形式对实体的含义——本质就是形式，形式得以可知
（若真如柏拉图所说）若理型是分离于现实实体的存在，则第一：理型不能被认知（因为我们的认知来自于对可感实体的本质的认识，而理型分离于本质），第二：物体的本质不存在，因为本质依赖于可感实体而存在，而可感实体在柏拉图的理论中不是存在（1031b4-8）。而这显然是荒唐的，因为我们只有认识个体的本质，才算拥有它的知识；否则柏拉图说善是最终的型，则宇宙 混为一谈，无所谓什么认识不认识了。（1031b10-15）
因此，理型（形式）作为可被认知而必然存在物体中，而我们这谈到的本质就是认知的基础，因此个体自身的形式和其本质完全是一回事（1031b20）。
注：逻辑比较复杂，特做解释。我们讨论的存在是自己本身就有意义的实体。显然实体有质料（肯定前人中的自然哲学家），同时又像柏拉图所说的他诠释了某种形式（继承了柏拉图的思想）。如果我们认识这个东西就是给他之所以存在的定义，这个定义必须指向它的本质（亚里士多德的论述），则这个本质必然就是柏拉图所说的形式，且这个形式并不像柏拉图所说的那样是分离的客观存在（1031b10-15）。因此现实实体必然包含两种要素——自然哲学家所说的质料和柏拉图所说的形式，而形式就是亚里士多德这里所说的人赖以认识事物的本质。
质料对实体的含义——质料决定了无质料实体（灵魂）成为现实实体的生成
除了存在的实体，还要考虑实体成为实体之前的时刻——潜在的实体（需先读《物理学》）。潜在的实体是灵魂，并包含了其实体的本质（形式）1032a32-1032b15。其与质料混合，现实的实体才得以生成。1033a1
因此，现实的存在，是形式和质料的组成物（1033b20）。
本质的进一步理解——整体与部分
本质来自于定义，那怎么定义呢？通常的定义来自于对原理的剖析——什么是桌子？一个可以由多个竖直支架（桌腿）立起一个平板用以放东西的物体（桌面）。那部分的原理是不是先于整体的原理，又或是包含在整体的原理中呢？1034b20-25
不能一概而论（1036a16）：形式本身是在先的，因此由于某种本质作为整体的原理先于部分的原理（圆之于圆弧），但若定义的是复合物，例如音节，则其原理是字母原理之后的。同理可搬运到包含关系，对于复合物来说，甚至可以包含部分其组成部分的原理（音节包含部分字母的原理）。1034b25-1035b2
毁灭过程也是如此，事物毁灭归于质料，而那些原理的部分（毁灭前存在的本质）则是在先的（1035b12-15）。
实体也可以认为是质料和形式的组合物。但第二实体（人、马，见范畴篇）在严格意义上不是现实实体，而只是实体所包含的原理和导致所有真实第一实体（每一个人、马）的质量的组合物。
注：这里总结一下——实体是个体，形式是普遍的原理，普遍的原理和个别的质量混合为第一实体，普遍原理和普遍质料混合不是实体。复合体若其形式是复合的，则部分先于整体。若复合体的形式是单一但质料是混合的，则整体先于部分。
要解释人的本质，例如人的形式是骨骼与肌肉——这会带来一个麻烦，那就是它们似乎属于质料。若把质料无限分割，则会像毕达哥拉斯学派那样将万物归于数，最终宇宙又混为一谈了。（1036a27-1036b23）因此解释本质不应该从质料的角度出发，而应考虑其原理的解释。
因此组合体就其质料而言不包含本质——人是由A+B组成的，而就其原理而言则包含本质——可思想的动物。
具体而言，本质的诠释是通过种和属差完成，例如人是灵长类（种），又是可思想的（区别于其他属）。1037b9-1038a35。
普遍原理和个别实体
普遍原理不是实体，否则就会有第三者论证（善是实体，则善是善的，善的善也是实体，(善的)xN善也是实体）（见柏拉图的《巴门尼德篇》）1039a2。同时，可感的现实实体既没有定义，也没有证明 1040a1，因为原理还有是否存在，是否为真，和物理意义上的存在是无关的，不存在生成与毁灭（1039b26）。比如什么是太阳？如果说照耀大地的是太阳，这是解释而非定义；描述其本质是不可能的，只能近似的指着它说，这就是太阳。
而对于现实事物的理解，一是追求它普遍意义上的原理（1041a10），以及质料成为它的原因（1041b9）。例如太阳的原理——恒星的研究，以及太阳这个个体形成的研究。
总结
- 存在的单位为实体。实体拥有质料和形式，实体的形式是它的本质。
- 复合体可以是实体，但当且仅当其具有形式是复合体才是实体。若形式拥有部分，则其部分是逻辑在先的。由于质料而产生的部分则是逻辑在后的。
- 形式构成了单一的潜在实体，其与质料的混合是现实的实体。
- 本质可泛化为普遍性，但只有其特例是实体。普遍性的本质可理解和证明，但这不是针对个体的。个体的理解包括其形式的普遍原理的理解，以及其生成毁灭的原因。