第一个沉思——怀疑
笛卡尔首先说明了他的经验里有很多错误的东西，应当被怀疑。但他认为怀疑并不是全盘的怀疑，必须是有根据的。但人的经验纷繁复杂，怎样将该怀疑的东西一并摒除呢？
只要我在那些东西里找到了任何一点可以的东西，我们就可以把它们全部抛弃。这样看来，我们就不用全部检查它们了，因为那会是一件无期限的事情。直到现在，我作为最真实确定的事物接受的都是从感官或者通过感官得到。
因此，笛卡尔将所有感官得到的事物一并怀疑，因为他们是具有欺骗性的。
第二个沉思——我思故我在
笛卡尔通过直觉和逻辑判断——即使一切都不可靠，都容易是幻觉，这世界上至少“我”是存在的。
可是有一个非常强大，非常狡猾的片子或者其他什么东西，他总是精巧的骗我。所以，如果他骗我，那么毫无疑问我存在，并且让他尽他的意愿去骗，他从来不会使我什么都不是，只要我想到我是什么东西……我是，我在，当我宣布它的时候或者在心里想到它的时候，它必然是真正的。
笛卡尔发现从外在讨论自身的存在是浪费时间的，因为一切外在都有可能由于是在梦里从而不真实。但是无论是否在梦里，笛卡尔发现他确实都在思考。
但是我是什么呢？一个思维的东西。什么样的思维的东西？它是一个怀疑的、理解的、（思考的）、肯定的、否定的、愿意的、拒绝的，也是想象的在感觉的。
同时，笛卡尔确定了想象和感官的真实性，无论他是否在梦里，无论是否正确，他都可以想和感觉。
我也确定了想象的力量；因为尽管可能发生我设想的事情没有一件事正确的，然而想象的力量不会停止，它形成了我思维的一部分。最后，我就是在感觉的东西，也就是说，好像通过感官的感觉认知到的那个东西，因为事实上，我看见了光，听到了声音，感到了热。
最后，笛卡尔肯定了亚里士多德形而上学中关于“本质（本体，essence）”的部分，并且用蜡烛来作为说明。蜡烛可以变热，融化，发出气味，颜色也在变——几乎所有可感官的关于蜡烛的性质都在变化，而我仍然能分辨它作为同一个蜡烛的存在。
因为我设想它允许无限的类似改变，而我不知道怎样通过想象认识无限的改变，因此我具有的蜡的概念不是通过想象的能力……我必须承认我甚至不能通过想象理解这块蜡是什么，只有我的理智可以感知它。
因此，笛卡尔看出思维分为感官、想象、理智，而理智则是一种精神里直觉的判断能力。
这样，单凭我精神里剩余的判断能力，我理解了我认为是用眼睛看到的东西……
我们是通过我们心里的理智功能，而不是通过感觉活着通过想象的能力来领会物体。
借此，笛卡尔发现真实存在的精神里，拥有某种对外在的存在的联系，尽管外在的存在可能并非真实的物质存在。
第三个沉思——上帝的存在的证明
不同于亚里士多德对于形式逻辑的强调，笛卡尔提出了他赖以推导的原则——
因此，好像我已经可以建立一个第一总则：我所清楚感知到的都是正确的。
注：否则人将一无所有。但是，清楚感知到的东西，首先只是出现在内心的观念和思维。如果笛卡尔不会犯错，那么他就是全知全能的上帝，显然他不是，因此他会犯错。错误的本质是什么呢？
错误判断我心里的观念和在我之外的一些东西被看作相似的。
换言之，必然存在笛卡尔精神之外的可锚定的物体，否则他就是上帝。那么使笛卡尔认为外物和思维的主体相似的原因是什么呢？必然是一个真实存在的外在客体。
接下来，笛卡尔引用了类似于亚里士多德《形而上学》第八卷的思路——
在有效的、总的原因里，一定至少有和在结果里一样多的实在性。
例如石头产生热，那么石头至少和热一样真实（formal reality）。引发我拥有石头这个观念的实在性不低于石头这个观念的实在性（objective reality）。同时，客观的实在应当形式的存在于的原因。
虽然我在这些观点中考虑的真实性是客观的，但我不应该怀疑这些真实性应该形式的存在我的观点的原因里。
这很绕，因此进一步翻译一下——外在的存在（根据亚里士多德的学说，其本质是形式）的真实性叫做formal reality。我思维里客体的真实性叫做objective reality。若某外在的存在A是导致我思维中形成某客体的存在(idea of B)的原因，那么A的formal reality >= 思维中的B的objective reality。
进一步，存在一个至上的思维的原因，由此导致了所有思维的客体，即存在一物，它有完善的objective reality。
尽管可能是这样，一个观点产生于另一个观点，但是这不能无限的继续下去；因为最后我们必须得到一个观点，它的原因就像一个样本，在它里面全部的真实性可以说是客观的在这些被正式的包含的观点里。
最后，那个导致我脑海里有完善上帝观念的原因不能来自于我，否则我就是上帝了。
因此我不能把自己当做它的原因，必然有另一个东西存在，或者是这个观点的原因。
既然他来自外部，它有最高级的formal reality，也就是那个符合上帝定义的那个事物，它就是上帝。
通过上帝这个名字，我理解到一种无限的（永恒的，不变的）、独立的、全知的、全能的以及我自己和其他所有东西，如果任何其他的东西都存在，被创造。
第四个沉思——论正确和错误
作为读者，如果你较真，你很有可能会对笛卡尔上面的观点不以为然——我思维里有上帝，那么上帝必然存在。那我思维里有狗头人，狗头人是不是也必然存在啊？
这就涉及到一个点，那就是关于我思维判断正确与否的本质的思考。用人话说，狗头人是一个错误，因为没有任何道理可以说明狗头可以安在人身上。但是“上帝“是不是一个错误呢？上帝的定义——一切我们借此获得思维客体的原因。所以，如果这个原因存在，那么这个原因是客观的也是最真实的，也就是说可知论的信仰者相当于笛卡尔定义的上帝的信仰者。也就是说，如果我们假设存在这个原因，那么上帝就存在（这个原因是否存在的讨论见第五个沉思）。但是如果我们假设导致狗头人存在的原因，不能导致狗头人存在，因为狗头人不负责导致我们思维里产生狗头人这个思维客体，上帝才负责这个事。
下一个难题也很重要——既然你说上帝不骗人，那上帝怎么会把狗头人这么一个错误的印象放在你的脑子里呢？这不又矛盾了吗？——这就是第四个沉思要解决的问题——上帝是完满的，他创造的人为什么是不完满的。
我注意到不仅有一个关于上帝或者出现在我的精神里的智商完满的存在体的真实的积极的观点，而且有一个确定的关于无的消极观点……因此我意识到错误，就是作为错误来说，不是一个依靠上帝的真实的东西，仅仅是一个错误。
当我们询问是否上帝的作品是完满的时，我不应该考虑一个单独分开的创造物，而是应该把他所有的创造放在一起。
笛卡尔发现他的错误来自于知识的能力和自由意志力量的共同结果，而上帝给了他部分的知识和自由的意志，因此而出错；而不是上帝给了他错误的知识）因为一切他清晰认识到的都是正确的，比如最基础的逻辑，数学等，确实在精确推断下从不犯错）。再接着，笛卡尔论证了有限知识和自由意志都是不能被抱怨的，从而错误不能怨上帝。
- 我确定没有理由抱怨上帝没有给我一种更强大的智慧，因为我是有限的，不能理解无限的东西很合理。
- 自由意志是值得感恩的，因为有自由意志比没有自由意志使我拥有更多的完满性。
最后，他依然强调“每一个清楚明显的概念都是没有疑问的东西，因此不是来自无，而一定是上帝是他的作者”。也就是一切肯定式的陈述的原子的观念，都是没有疑问而真实的。
回过头，我想象到一个狗头人，它不是清晰明显的概念（来自两物的组合），因而有可能犯错。但我思考了一个原子/一个桌子，就不会犯错，因为他们是清晰明显的实体。这又和亚里士多德的某些观念相吻合——实体不诉说他物而自己可以独立的解释自己。笛卡尔进一步认定，人之所以判定实体的准则，就是上帝赋予的清晰明显的精神直觉。
第五个沉思——上帝的存在的理解
数和形的真实性是明显的，尽管他们可能不存在于我的思维之外，也不是我构建的，但是他们拥有真实不变的本质。
笛卡尔认为即使三角形这种完美的图形不存在于世界上，但它是一种存在，正如思考的我存在一样，他作为有三条直边的形存在也是一种真实不变的本质，他不是我虚构的，也不依赖于我的精神。
在我心里发现上帝的观点，也就是说，一个至上完满体的观点，不必无论任何形状或者数目的观点差。
也就是说，我们思维里的上帝是真的，正如数和形是真的，从而可以确立思维的上帝有完满的真实性，导致其存在的外在形式也拥有完满的真实性。
笛卡尔的意思，就是我精神直觉中对数和形的认识，其基础都是存在一个我借此完满性来认识万物的原因，因此上帝的真实性是比数和形更为直接和真实的。我认识三角形，其性质具有三条直边；正如我认识上帝，其性质是让我可以理解世界。
第六个沉思——物质的存在和人对物质的认识
直到前五个沉思，笛卡尔都在说明三件事。
- 我存在
- 有外物存在
- 使我思维里有上帝的一定是外物，那么这个外物一定是上帝。
因此，到目前为止，笛卡尔还没有说物理世界存在，第六个沉思就是在解释物质的存在。
我内心有一些关于空间、时间、形状的思维对象。
这个物质是一个物体，就是，一个形式的包含了所有客观在这些观点里的物体性的东西，或者它就是上帝本身，或者其他的比物体高贵也突出的包含有同样东西的创造物。
解释一下：为什么我思维里有石头的概念？第一种可能：formal reality导致了objective reality: 物质的石头导致了我思维里的石头。第二种可能，更高级的formal reality导致了更低级的formal reality，类似于演绎推理。
但是，因为上帝不是一个骗子，所以很明显，他不会通过他自己直接地告诉我那些观点，也不会通过一些创造物的媒介，在这些创造物里，它们的真实性不是形式的而仅仅是明显的包含观念的实在性。因为，既然他没有给我认识这个事情的能力，但是，另一方面，一个非常大的倾向使我相信它们通过物体性的东西传递给了我，如果这些观点是由原因产生而不是物体性的东西，我没有看出他能怎样辩解着不是一个骗局。
解释一下：上面两种确实都有可能——要么真实存在石头，要么石头全都是上帝灌输给我的意念。但同时，我直觉告诉我这玩意就是物质真实存在的石头。那么如果确实我错了，那我完全没有办法通过任何方式证明我错了，也就是说上帝彻彻底底的欺骗了我，这不符合我对上帝的定义。
注：有人会反驳说梦不是真实的，所以上帝仍然是骗子。但这是不成立的。如果你发现这是梦，例如通过醒来，与他人求证其中的细节等方式来证伪，那么上帝就不是骗子，因为他赋予了证伪的可能。如果你发现你所经历的一切都无法证伪，那你就应该相信你所经历的不是梦而是现实：
当我感知到一些东西，对于这些东西，我清楚地知道他们从哪里来，他们在哪里，他们出现在我面前的时间；这时，没有间断的，我可以把我对他们的认知和我生活的整个过程结合起来，我非常确定是我在醒着而不是睡着的时候出现了这些认知。
最后，即便如此，人在物质方面仍然存在欺骗和错误。其本质原因是精神不可分而物质可分。笛卡尔认为上帝已经做了最优的排布，使得正确的信号以正确的器官通过神经传入大脑。但由于人体是可分的，容易产生身体的错误，使得信号在疾病中（错误排布的神经传导）产生了错误的感觉。因此，
我们必须承认人的医生在关于个别物体上是会经常犯错的，最后，我们必须承认我们本质上的缺点。